Akcja gry toczy się w 1960 roku. Gracz wciela się w postać Jacka, który ocalał z katastrofy samolotu. Trafia on do tajemniczego miasta o nazwie Rapture. Miasto zostało stworzone przez magnata prasowego Andrew Ryana. Z założenia miało być rajem na ziemi. Zgromadzono tu najbardziej wartościowych przedstawicieli ludzkiej cywilizacji. Naukowcy szybko dokonali wybitnych odkryć w wielu dziedzinach. Odkrycia umożliwiły mieszkańcom mutacje zapobiegające chorobom, nabywano nowe cechy, np. telekinezy. Okazało się jednak, że jak każda utopia, tak i ta nie może istnieć. Szybko nastąpił upadek i degeneracja miasta- jego ideałów. Społeczeństwo podzieliło się na walczące ze sobą obozy. Jack musi poznać tajemnice miasta i rozwiązać zagadki metropolii aby przetrwać. Do dyspozycji ma broń konwencjonalną i mutacje, które modyfikują jego zdolności. Fabuła jest skomplikowana. Dodatkowo utrudniają grę napotkane postaci, które uwikłają bohatera we własne sprawy. Raz podjęte decyzje mają wpływ na dalszą grę.
